一、內分泌因素
女：下丘腦-垂體-卵巢軸三者之間的調節不完善，表現為無排卵月經，閉經或黃體功能失調。（甲亢、甲減、腎上腺病、糖尿病也能影響卵巢功能并阻礙排卵。）
男：垂體病變、睪丸內分泌異常的病變、腎上腺疾病、甲狀腺疾病等均會導致性交能力降低，睪丸萎縮，精子生成障礙，從而導致不育。
二、遺傳因素
女：嚴重的先天性生殖系統發育不全，常伴有原發性閉經。染色體異常，易造成習慣性流產。
男：染色體異常，常見的有男性假兩性畸形、克氏綜合征和XYY綜合征。
三、免疫因素
女：生殖系統抗原的自身免疫引起，主要有針對精子和卵子的抗體。
男：由于精子暴露于免疫系統，精子精漿在體內產生對抗自身精子的抗體。
四、生殖器官病變
女：
1.陰道疾病：陰道閉鎖、陰道中隔、陰道炎。
2.宮頸病變：宮頸管先天性異常、閉鎖或狹窄、息肉、糜爛、腫瘤、粘連；宮頸粘液中存在抗精子抗體。
3.子宮因素：先天性無子宮、幼稚型子宮及無宮腔實性子宮。子宮肌瘤、子宮內膜異位癥、子宮內膜炎癥、宮腔粘連。
4.輸卵管因素：輸卵管過長或狹窄，輸卵管炎癥引起管腔閉塞、積水或粘連。輸卵管疾病可占女性不孕的25%，是不孕的重要原因。
5.卵巢因素：卵巢發育不全、黃體功能不全、卵巢早衰、多囊卵巢綜合征、卵巢腫瘤。
其他如全身性因素（營養障礙，代謝性疾病，慢性消耗性疾病，單純性肥胖等。服用生棉籽油，有毒化學試劑，放射線照射）、精神神經因素等都會造成不孕不育。
男：
1.生殖道感染如前列腺炎、附睪炎、睪丸炎、尿道炎。
2.輸精管道梗阻。
3.睪丸生精功能異常。常見于隱睪，精索靜脈曲張。
4.精子結構異常和精漿異常。
5.男性性功能障礙。陽痿、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
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